Online dergi TR35 Türkiye

Dijital Haberler

Büyük Verinin Yaban Hayatı Koruma ile Ne ilgisi Var?

Bir tür, türünün hiçbiri kalmadığında yok olur. Başka bir deyişle, yok olma küçük sayılarla ilgilidir, peki büyük veri yok oluşu incelememize nasıl yardımcı olur? Şansımıza bir türün her bir bireyi, geçmişinin imzalarını, bugün ne kadar bağlantılı/yalıtılmış olduğuna dair bilgileri ve geleceğini nelerin tahmin edebileceğine dair diğer bilgileri genomunda taşır. Son on beş yıl, genomları nasıl okuyabileceğimiz konusunda büyük bir değişikliğe tanık oldu ve bireylerin ve türlerin genomlarından elde edilen bilgiler, korumalarının daha iyi planlanmasına yardımcı olabilir.

Dünyadaki tüm yaşam genetik materyali barındırır. Genellikle yaşamın planı olarak adlandırılan bu genetik materyal, DNA veya RNA olabilir. Hepimiz DNA’nın ne olduğunu biliyoruz, ancak DNA’yı düşünmenin başka bir yolu da veridir. Örneğin tüm memeliler, hücrelerinin her birinde 2 ila 3.5 milyar bit arasında veri barındırır. Tüm DNA veri dizisine tüm genom denir. Teknolojideki son değişiklikler tüm genomları okumamıza izin veriyor. 151 harf uzunluğundaki kısa bilgi bitlerini birçok kez okuyoruz ve bilinen bir referansla karşılaştırarak tüm genomu bir araya getiriyoruz. Bu, bu 151 harf uzunluğundaki parçanın her birinin 3 milyar harf uzunluğundaki kelimede nereye gittiğini bulmamıza yardımcı olur. Her pozisyonu ortalama 10 veya 20 defa okuduktan sonra, bundan emin olabiliriz. Her genom on kez bile dizilense ve yalnızca on birey örneklense, memeliler için her veri seti 200 ila 350 milyar bit veriden oluşacaktır!

Zamanla, mutasyon veya içeri sızan yazım hataları nedeniyle genom değişir. Bu tür yazım hataları, bir popülasyondaki (bir hayvan veya bitki kümesi) bireysel genomlar arasında çeşitlilik veya farklılıklar yaratır. Benzer şekilde, birçok bireyden oluşan büyük popülasyonlar, çeşitli yazımlara veya yüksek genetik varyasyona sahip olacaktır. DNA genetik plan olduğundan, çevredeki değişiklikler de bu DNA yazımlarına yansıyabilir, genomlarında belirli kelimelere sahip bireyler belirli koşullar altında diğerlerinden daha iyi hayatta kalır. Popülasyon büyüklüğündeki değişiklikler genellikle genomda belirli bir yerde gözlemlenen harflerin çeşitliliğini veya belirli bir genomik konumdaki varyasyonu değiştirir. Hayvanların bir popülasyona göçü veya hareketi, yeni harfler ve varyasyonlar ekler. Bütün bunlar bir arada ele alındığında, bireylerin DNA dizileri karşılaştırılarak bir popülasyonun tarihi anlaşılabilir. Buradaki zorluk, her popülasyonun tüm bu etkilerle karşı karşıya kalması gerçeğinde yatmaktadır: popülasyon büyüklüğündeki değişiklikler, çevresel seçilim, göç ve mutasyon, hepsi aynı anda ve farklı faktörlerin etkilerini birbirinden ayırmak zordur. Burada büyük veri kurtarmaya geliyor.

Fotoğraf Kredisi: Dr Anubhab Khan

Genomik veriler, bir popülasyonun iklimdeki değişikliklerden nasıl etkilendiğini ve devam eden iklim değişikliği karşısında hayatta kalmak için gerekli genomik varyasyona sahip olup olmadığını anlamamızı sağladı. Veya belirli insan faaliyetlerinin geçmişte bir nüfusu nasıl etkilediği. Bir popülasyonun kökenleri hakkında daha fazla şey anlayabiliriz. Bir popülasyon belirli enfeksiyonlara ne kadar duyarlıdır? Veya bir popülasyondaki bireylerin birbirleriyle ilişkili olup olmadığı. Bu büyük veri kümelerinden bazıları, belirli popülasyonların aynı olup olmadığını ve birlikte mi yoksa ayrı ayrı mı yönetilmesi gerektiğini belirlemeye yardımcı oldu. Tüm bu sorular bir popülasyonun yönetimine ve korunmasına yardımcı olur.

Kaplanlar için böylesine büyük genomik veri kümeleri üzerinde çalıştık ve araştırmamız hangi kaplan popülasyonlarının yüksek genomik varyasyona sahip olduğunu ve diğer popülasyonlarla daha bağlantılı olduğunu belirlememize yardımcı oldu. Küçük ve düşük genomik varyasyona sahip, ancak aynı zamanda yanlış yazılmış veya kötü yazılmış sözcüklere veya ‘kötü’ mutasyonlara meyilli görünen popülasyonlar belirledik. Popülasyonlar içindeki bireyler arasında bilinmeyen ilişkileri belirledik ve bu izole edilmiş popülasyonların genomik varyasyonlarını geri kazanmalarına izin verebilecek stratejiler önerdik. Bu büyük veri yaklaşımlarıyla hayvanların yaşamlarına göz atmak inanılmazdı ve bu tür genomik veri setlerinin, biyoçeşitliliğin bu Dünya’da nasıl hayatta kalmaya devam edebileceğini anlamaya katkıda bulunacağını umuyoruz.


bir Ramakrishnan DNA’yı araç olarak kullanarak doğanın gizemlerini çözmenin büyüsüne kapılıyor. Laboratuar meslektaşlarıyla birlikte, son on beş yılını Hindistan’da nesli tükenmekte olan türler üzerinde çalışarak geçirdi. Böyle bir anlayışın onların korunmasına katkıda bulunacağını umuyor. Uma, Ulusal Biyolojik Bilimler Merkezi’nde profesördür.

Anubhab Khan bir yaban hayatı genomiği uzmanıdır. Son birkaç yıldır küçük izole popülasyonların genetiğini araştırıyor ve diğerlerinin yanı sıra kaplanlar, filler ve küçük kedilerin büyük ölçekli genom dizileme verilerini oluşturup analiz etti. Popülasyon genetiği, yaban hayatı koruma ve genom dizileme teknolojileri konusunda hevesli. Ya ileri teknolojileri ve uzmanlığı kullanıma sunarak ya da herkes için uygun fiyatlı ve erişilebilir teknikler geliştirerek dünyadaki teknoloji eşitsizliğini sona erdirme konusunda tutkulu.

Bu seri, Doğa Koruma Vakfı’nın bir girişimidir (NCF), tüm Hint dillerinde doğa içeriğini teşvik etmek için ‘Doğa İletişimi’ programları kapsamında. Kuşlar ve doğa hakkında daha fazla bilgi için, Katılın sürü.


Kripto para birimiyle ilgileniyor musunuz? WazirX CEO’su Nischal Shetty ve WeekendInvesting’in kurucusu Alok Jain ile kripto ile ilgili her şeyi, Gadgets 360 podcast’i Orbital’de tartışıyoruz. yörünge mevcuttur Apple Podcast’leri, Google Podcast’ler, Spotify, Amazon Müzik ve podcast’lerinizi nereden alırsanız alın.